زیست فناوری

نوشته: کسری اصفهانی

مقالات در نشريات و روزنامه‌ها
نویسنده : کسری اصفهانی - ساعت ۱:٢٩ ‎ب.ظ روز ۱۳۸٥/٤/٢٦
 

این چند روز، چند مقاله این وبلاگ در روزنامه‌ها چاپ شده که جا دارد از خانم سلیمی و همچنین خانم‌ شیرازی در جام‌جم و خانم همتی در شرق تشکر نمایم.

برخی از این مقالات عبارتند از:

ارمغان بيوتكنولوژى براى محيط زيست، پلاستيك هاى زيستى (شرق، ۸۱۰، ۲۶ تیر(

همان مطلب؛ پلاستیک‌های زیستی (جمهوری اسلامی، ۷۸۱۴، ۲۰ تیر(

چرا محصولات تغییریافته ژنتیکی خوب هستند؟ (شرق ، ۷۹۲، ۴ تیر(

مقابله با بیماری‌های قارچی با استفاده از مهندسی ژنتیک (جام جم، ۲۵ تیر)

 


 
comment نظرات ()
 
چگونه T-DNA از آگروباکتریوم به سلول‌های گیاهی منتقل می‌شود؟
نویسنده : کسری اصفهانی - ساعت ٤:٤٧ ‎ب.ظ روز ۱۳۸٥/٤/٢٥
 

قسمت اول

همان طور که در مطالب پیشین ذکر شد، بسیاری از پروتئین‌هایی که توسط ژن‌های vir رمز می‌شوند، نقشی ضروری در فرآیند انتقال ژن به واسطه آگروباکتریوم دارند. برخی از این نقش‌ها در چندین مقاله مروری برجسته شرح داده شده است، بنابراین در مقاله حاضر، نقش‌های پروتئین‌های Vir که می‌توانند با هدف بهبود فرآیند انتقال ژن مورد دست‌ورزی قرار گیرند، به طور محدودتری توضیح داده شده است. پروتئین‌های VirA و VirG به عنوان عضوی از یک سیستم تنظیمی ژنتیکی دو بخشی حسی-ترارسانی پیام عمل می‌کنند. VirA یک شاخک پری‌پلاسمیک است که حضور ترکیبات فنلی گیاهی خاصی را در زمان زخم القا می‌شود، حس می‌کند. VirA با هماهنگی با یک مولکول حامل مونوساکاریدی به نام ChvE و در حضور مقدار مناسبی فنل و مولکول قند، خود و پروتئین VirG را فسفریله می‌کند. VirG در حالت غیر فسفریله غیرفعال است، اما در حالت فسفریله، این پروتئین به فعال شدن یا افزایش سطح رونویسی ژن‌های vir کمک می‌کند. این کار احتمالاً از طریق برهمکنش با توالی جعبه-vir که بخشی از راه‌انداز ژن‌های vir است، صورت می‌گیرد. پروتئین‌های همیشه فعال VirA و VirG که نیازی به القا‌کننده فنلی برای فعالیت خود نداشته یا پروتئین‌های VirG که برهمکنش بهتری با توالی جعبه-vir برای فعال کردن ابراز ژن‌های vir داشته باشند، شاید برای بهبود کارآیی انتقال ژن به واسطه آگروباکتریوم و طیف میزبانی مفید باشد.


 
comment نظرات ()
 
اساس مولکولی انتقال ژن به وسیله آگروباکتریوم
نویسنده : کسری اصفهانی - ساعت ٤:۳۱ ‎ب.ظ روز ۱۳۸٥/٤/۱٩
 

 T-DNAچیست؟

اساس مولکولی انتقال ژنتیکی به گیاهان توسط آگروباکتریوم انتقال یک منطقه از یک پلاسمید بزرگ القا کننده تومور (Ti) یا ریشه­زا (Ri)[1] از آگروباکتریوم و ادغام آن در ژنوم گیاه می­باشد (شکل 1).

 

شکل 1: شمای یک پلاسمید Ti نوع octopine (A) و ناحیه T-DNA این پلاسمید (B).

A)       T-DNA به سه ناحیه T-DNA چپ (TLT-DNA مرکزی (TC) و T-DNA (TR ) راست تقسیم می­شود. دایره­های توپر سیاه نشانه توالی­های تکراری حاشیه T-DNA هستند. oriV نقطه شروع همانندسازی پلاسمید Ti با دایره توخال نمایش داده شده است.

B)       رونوشت­های متنوع رمزشده توسط T-DNA در پلاسمید Ti و جهت رونویسی آنها با بردارها نمایش داده شده است. ژن­ها رمزکننده فعالیت­هایی شامل ساخت اکسین (auxin)، ساخت سایتوکینین (cyt)، مانوپین[2] (mas) و آگروپین[3] (aga)  نشان داده شده­اند.

 

اندازه پلاسمید Ti 200 تا 800 کیلو باز است. T-DNA یا DNA منتقل شونده در منطقه T[4] بر روی پلاسمید Ti یا Ri قرار دارد. اندازه منطقه T در پلاسمیدهای طبیعی Ti و Ri حدوداً 10 تا 30 کیلو باز است. بنابراین، منطقه T عموماً 10 درصد پلاسمید Ti را شامل می­شود. برخی پلاسمیدهای Ti یک منطقه T داشته و برخی دارای چند منطقه T می­باشند. فرآیند انتقال T-DNA از پلاسمید Ti و ارسال آن از باکتری به سلول گیاهی حاصل فعالیت ژن­های بیماری­زا (vir) می­باشد که توسط پلاسمید Ti حمل می­شوند.

منطقه T با توالی­های حاشیه­ای T-DNA معین می­شود. این حاشیه­ها 25 جفت باز طول دارند و از نظر توالی بسیار همسان هستند. آنها منطقه T را با تکرارهای هم جهت از دو طرف در بر گرفته­اند. به طور کلی، کناره­های T-DNA حدود آن را تعیین می­کنند (البته موارد استثنایی نیز وجود دارد که به آنها اشاره خواهد شد)، چون این توالی­ها هدف اندونوکلئازهای اختصاصی کناره­ها یعنی VirD1/VirD2 که T-DNA را Ti plasmid جدا می­کنند، می­باشند. به نظر می­رسد که یک قطبیت در کناره­های T-DNA وجود دارد به طوری که در ابتدا به نظر می­رسد کناره راست بسیار مهم­تر از کناره چپ است. عوامل متعددی باعث ایجاد این قطبیت می­شوند. اول اینکه توالی­های حاشیه­ای فقط به عنوان هدف اندونوکلئاز VirD1/VirD2 عمل نمی­کنند بلکه به عنوان یک محل اتصال کووالانت به پروتئین VirD2 نیز عمل می­کنند. در پلاسمید Ti و Ri (یا در ناقل­های دوتایی[5] T-DNA) کناره­های T-DNA باعث به هم وصل شدن DNA دورشته­ای می­شود. شکستن این توالی­های کناره­­ای دورشته­ای شده هم در شرایط in vivo  و هم in vitro، نیازمند پروتئی­های VirD1 و VirD2 می­باشد، هرچند در شرایط in vitro پروتئین VirD2 به تنهایی می­تواند یک توالی تک رشته­ای حاشیه­ای T-DNA را ببرد. شکتن توالی حاشیه­ای 25 جفت بازی T-DNA عمدتاً با ایجاد شکافی در "رشته پایینی" T-DNA به طور قراردادی، بین نوکلئوتید 3 و 4 صورت می­گیرد. شکستن دورشته­ای نیز در کناره­های T-DNA گزارش شده است. ایجاد شکاف در توالی حاشیه­ای با پیوستگی محکم (شاید کووالانت) پروتئین VirD2 از طریق تیروزین موقعیت 29 با انتهای 5' مولکول تک­رشته­ای حاصل از T-DNA که رشته T[6] خوانده می­شود، همراه است. این رشته T است که به جای مولکول دورشته­ای T-DNA، به سلول گیاهی منتقل می­شود. در این حالت، این پروتئین VirD2 است که به حاشیه راست متصل شده (مستقیماً به خود توالی حاشیه متصل نمی­شود) و باعث ایجاد قطبیت و اهمیت حاشیه راست نسبت به حاشیه چپ می­شود. ذکر این نکته لازم است که چون شکاف در حاشیه چپ نیز برای اتصال VirD2 به بقیه مولکول لازم است (قسمت غیر T-DNA پلاسمید Ti یا ناقل دوتایی T-DNA)[7]، این موضوع ممکن است باعث فرآیند جداسازی رشته T از پلاسمید Ti یا پلاسمید Ri و ناقلین دوتایی T-DNA باشد. مشکل انتقال "بقیه قسمت­های"4 ناقل به گیاه در ادامه شرح داده خواهد شد.

دوم اینکه شاید حضور توالی­های overdrive T-DNA نزدیک به حاشیه راست بسیاری از T-DNAها، نیز به ایجاد قطبیت بین حاشیه چپ و راست کمک نماید. توالی­های overdrive باعث تقویت انتقال رشته T به گیاهان می­شوند، گرچه هنوز سازکار مولکولی این موضوع ناشناخته است. گزارش­های اولیه حاکی از این است که پروتئین VirC1 به توالی overdrive متصل می­شود و شاید بریده شدن حاشیه T-DNA توسط اندونوکلئاز VirD1/VirD2 را تقویت کنند. عمل VirC1 و virC2 برای بیماری­زایی بسیار مهم است و جهش این دو ژن باعث عدم بیماری­زایی در بسیاری از گونه­های گیاهی می­شود. اما گزارش­هایی ارائه شده که تولید T-DNA در جهش­یافته­های ژن virC آگروباکتریوم را در سطح گونه وحشی دانسته­اند. بنابراین هر گونه اثر virC پس از پردازش T-DNA رخ می­دهد.



[1] Rhizogenic

[2] Mannopine

[3] Agropine

[4] T-region

[5] Binary Vector

[6] T-strand

[7] Backbone


 
comment نظرات ()
 
سالروز ساقط کردن هواپيمای مسافربری
نویسنده : کسری اصفهانی - ساعت ٢:٢٠ ‎ب.ظ روز ۱۳۸٥/٤/۱٤
 

بعضی حوادث خيلی زود فراموش می‌شوند...

يادمان نرود که چند سال پيش يک هواپيمای بی‌دفاع مسافربری ايرانی توسط يک ناو کاملاْ مسلح آمريکايی ساقط شد.

ارزش‌های علمی آمريکا جای خود را دارد ولی گرفتن جان چند صد مسافر بی‌گناه امری است که نبايد توسط ما ايرانيان فراموش شود. اگر ايران اين کار را با آمريکاييان می‌کرد چه اتفاقی می‌افتاد. ببينيد که اسرائيلی‌ها برای نجات جان يک سرباز خود چه خونی راه انداخته‌اند. بياييد بيشتر برای خودمان و کشورمان ارزش قائل شويم. اين راه فقط با قدرتمند شدن صورت می‌گيرد. قدرت در قرن حاضر بنا بر گفته آلوين تافلر انديشمند بزرگ قرن گذشته، مبتنی بر دانايی است.

در قرآن برای غلبه بر شيطان فقط يک راه عنوان شده است: قوی شدن و نه مقابله...

بر ما فرض است اگر مسلمان هستيم، فقط قوی شويم...آنهم با کسب دانايی...


 
comment نظرات ()