زیست فناوری

نوشته: کسری اصفهانی

برگزاری مجدد کارگاه جامع از ژن تا پروتئین - 5 تا 8 بهمن امسال
نویسنده : دکتر کسری اصفهانی - ساعت ۱٢:٥۳ ‎ب.ظ روز ۱۳٩۳/٩/٥
 

با توجه به استقبال از پنجمین و ششمین دوره آموزشی تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی که قرار است ماه آینده برگزار شود، این کارگاه را دوباره در اسفند ماه برگزار می کنم.

صفحه اولیه این کارگاه در این نشانی در دسترس است: http://biotechnews.ir/html/index.php?name=News&file=article&sid=860

فرم ثبت نام


 
comment نظرات ()
 
پنجمین دوره آموزشی تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی
نویسنده : دکتر کسری اصفهانی - ساعت ۱۱:۱٩ ‎ق.ظ روز ۱۳٩۳/٩/۱
 

هفته آینده (9تا 12 آذر) پنجمین دوره آموزشی تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی را با عنوان "از ژن تا پروتئین" در مرکز آموزش های تخصصی کوتاه مدت پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری برگزار می کنم. اگر کسی از دوستان علاقه داشتند در این کارگاه شرکت کنند، می توانند از لینکهای زیر اطلاعات لازم درباره نحوه ثبت نام را دریافت کنند.

فرم ثبت نام
صفحه کارگاه در سایت پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری
بازتاب خبری کارگاه در خبرگزاری ایسنا

 

 


 
comment نظرات ()
 
تکرار دوره آموزشی فشرده دو روزه تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی‎
نویسنده : دکتر کسری اصفهانی - ساعت ٩:٢٠ ‎ق.ظ روز ۱۳٩٢/٩/۱٦
 
با سلام خدمت همکاران عزیز

در ابتدا از همکاران عزیزی که از شهرهای مختلف کشورمان مثل تهران، کرج، شیراز، اصفهان و ارومیه در دوره آموزشی فشرده دو روزه تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی که ششم و هفتم آذر ماه برگزار شد، شرکت نمودند سپاسگزاری می نمایم.


با توجه به استقبال قابل توجه و ابراز علاقمندی تعداد زیادی از دوستان خصوصاً دانشجویان گرامی برای شرکت در این دوره که با حداقل هزینه ثبت نام طراحی شده است، این دوره دوباره برگزار خواهد شد.

 بنابراین خواهشمند است دوستانی که تمایل به شرکت در این دوره آموزشی داشتند و به دلیل زمان برگزاری آن نتوانسته اند در آن شرکت کنند، تاریخ پیشنهادی مورد نظر خود را در فرم زیر مشخص کرده و به پست الکترونیکی
iranbioelearning@gmail.com ارسال نمایند.

روزهای هفته که می توانید در کارگاه شرکت نمایید:
  • شنبه - یک شنبه
    دوشنبه - سه شنبه
  • چهارشنبه - پنجشنبه

تاریخ ها:
  • هفته سوم آذر (16-21)
  • هفته آخر آذر (23-28)
  • دی ماه (تاریخ را ذکر نمایید)

لازم به ذکر است این دوره در بهمن امسال نیز مجدداً برگزار خواهد شد.


 
comment نظرات ()
 
دوره آموزشی فشرده دو روزه تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی
نویسنده : دکتر کسری اصفهانی - ساعت ۱٠:٥٦ ‎ق.ظ روز ۱۳٩٢/٩/٢
 

دوره آموزشی فشرده دو روزه تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی، 6 تا 7 آذر ماه امسال توسط شرکت شرکت دانا ژن ‌پژوه و با حمایت شبکه پزشکی مولکولی کشور به صورت نظری و عملی در محل دانشگاه الزهرا برگزار خواهد ‌شد.

در این دوره کوتاه مدت آموزشی که برای دانشجویان علاقمند به انجام پروژه های ژنتیک مولکولی و بیوتکنولوژی برنامه ریزی شده است، تکنیک های معمول آزمایشگاهی مانند PCR، استخراج DNA، هضم آنزیمی، انتقال ژن، الکتروفورز و ... به صورت عملی و نظری آموزش داده می شود و در انتهای دوره آموزشی، به شرکت کنندگانی که با موفقیت دوره را به پایان برسانند، گواهینامه معتبر انگلیسی شبکه پزشکی مولکولی اعطا می شود.

البته در این دوره، این امکان برای شرکت کنندگان وجود دارد که با توجه به علاقه خود در کل دوره یا بخش هایی از دوره آموزشی شرکت نمایند اما در صورت شرکت در کل دوره آموزشی، هزینه ها کاهش می یابد.

مزیت این دوره:
این دوره در مقایسه با دوره های مشابه، در مدت زمان کوتاهی (20 ساعت)، تمام تکنیک های معمول مورد نیاز برای دانشجویانی که بزودی کار بر روی پایان نامه خود را در آزمایشگاه های مولکولی آغاز می کنند، آموزش داده می شود. در کنار کاهش زمان آموزش، هزینه های این کارگاه (250 هزار تومان برای کل کارگاه) در مقایسه با کارگاه های مشابه بسیار پایین بوده و از این رو این دوره برای دانشجویان، خصوصاً دانشجویان شهرستانی که برای اقامت در تهران مشکل دارند، بسیار ایده آل است.

برنامه کارگاه

چهارشنبه 6 آذر- صبح (8:30-13:30): آموزش PCR
- آشنایی با اصول PCR، واکنش و برنامه PCR
- انجام PCR
- انواع مختلف و کاربردهای PCR
- مبانی الکتروفورز و جداسازی قطعات DNA
- مشاهده محصولات PCR بر روی ژل آگاروز و آنالیز نتایج

چهارشنبه 6 آذر- بعد از ظهر (14-19): مهندسی ژنتیک و کلونینگ DNA
- اصول مهندسی ژنتیک و آشنایی با مراحل یک پروژه کلونینگ DNA
- کاربردهای مهندسی ژنتیک
- آنزیم‌های برشی و هضم آنزیمی
- Ligation و کلونینگ DNA هدف
- انتقال DNA نوترکیب به باکتری پذیرنده E. Coli

پنج­شنبه 7 آذر- صبح (8:30-13:30): آنالیز مولکولی صحت کلونینگ و استخراج پلاسمید
- روش‌های مختلف آنالیز مولکولی صحت کلونینگ
- تایید کلونینگ با تکنیک Colony PCR
- الکتروفورز و مشاهده نتایج بررسی کلونی‌های نوترکیب
- استخراج پلاسمید به روش Mini-prep با استفاده از کیت

پنج­شنبه 7 آذر- بعد از ظهر (14-19): رفع اشکلات PCR و طراحی پرایمر

- بررسی و رفع مشکلات احتمالی PCR
- آشنایی با اصول طراحی پرایمر
- آشنایی با نرم افزار Oligo (نرم افزار تخصصی طراحی پرایمر)

ظرفیت پذیرش هر دوره:
12 نفر

مهلت ثبت نام:
ساعت 10 صبح 5 آذر 1392



علاقمندان جهت ثبت نام می توانند به سایت danagene.com مراجعه نمایند و از امکانات ثبت نام و پرداخت آنلاین که برای رفاه شرکت کنندگان در نظر گرفته شده است، استفاده نمایند. الویت ثبت نام با افرادی است که زودتر پیش ثبت نام نمایند و همچنین افرادی که در دوره کامل شرکت نمایند در الویت ثبت نام هستند. با توجه به ظرفیت بسیار محدود این دوره، خواهشمند است هر چه سریعتر نسبت به ثبت نام قطعی اقدام شود و در صورت تکمیل ظرفیت، علاقمندان برای ثبت نام در دوره های بعدی این کارگاه راهنمایی خواهند شد. البته هزینه های دوره های بعدی ممکن است افزایش یابد.


هزینه ها

عادی

دوره آموزشی کامل تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی: 280 هزار تومان

- آموزش PCR و طراحی پرایمر: 120 هزار تومان

آموزش PCR: 80 هزار تومان

طراحی پرایمر: 60 هزار تومان (همراه داشتن لپ تاپ توصیه می شود)

- مهندسی ژنتیک، کلونینگ DNA و استخراج پلاسمید: 180 هزار تومان

دانشجویی (با تخفیف)

دوره آموزشی کامل تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی: 250 هزار تومان

- آموزش PCR و طراحی پرایمر: 100 هزار تومان

آموزش PCR: 70 هزار تومان

طراحی پرایمر: 50 هزار تومان (همراه داشتن لپ تاپ توصیه می شود)

- مهندسی ژنتیک، کلونینگ DNA و استخراج پلاسمید: 150 هزار تومان


محل برگزاری کارگاه: تهران، بلوار کشاورز، نبش خیابان 16آذر، پلاک 78، ساختمان کمال الدین بهزاد، مرکز رشد دانشگاه الزهرا (س)، طبقه هشتم، واحد 811

با توجه به اینکه برای آموزش موثر، حداکثر تعداد شرکت کننده این کارگاه 12 نفر می‌باشد، الویت شرکت در کارگاه با کسانی است که زودتر ثبت نام نمایند و افرادی که با تاخیر ثبت نام نمایند، در الویت برگزاری کارگاه های بعدی قرار خواهند گرفت.

علاقمندان می‌توانند جهت اطلاعات بیشتر با شماره های 88978268 یا 09124708799 تماس حاصل فرمایند.

صفحه اینترنتی کارگاه ها

پیش ثبت نام در کارگاه ها

لینک خبر در سایت شبکه پزشکی مولکولی


سابقه برگزاری دوره
شرکت دانا ژن پژوه تا کنون ده ها کارگاه با حمایت شبکه پزشکی مولکولی، انجمن نانو فناوری و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران در حوزه بیوتکنولوژی برگزار نموده است. مدرس این کارگاه عضو هیات علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری مجری 3 دوره آموزشی تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی و مدرسه تابستانی در این پژوهشگاه بوده است.

سر فصل های این دوره دقیقاً منطبق بر دوره های برگزار شده قبلی در پژوهشگاه بوده ولی برای رفاه حال دانشجویان مدت زمان و هزینه برگزاری دوره به نحو چشمگیری کاهش یافته است.

توضیحاتی درباره مباحث کارگاه
واکنش زنجیره ای پلیمراز یا به اختصار PCR به طور روزمره در اکثر آزمایشگاه های تشخیصی و تحقیقاتی استفاده می شود و در موارد بسیاری مثل شناسایی و جداسازی ژن ها، کلونینگ، طبقه‌بندی و شناسایی موجودات زنده، تشخیص بیماری‌های ژنتیکی و حتی پرونده‌های جنایی و تعیین هویت کاربرد دارد. در حال حاضر و نزدیک به 30 سال پس از معرفی این تکنیک، تحقیقات ژنتیک مولکولی بدون استفاده از آن قابل تصور نیست.

مهندسی‌ژنتیک و تکنیک‌های مورد استفاده در آن، علم زیست‌شناسی را دگرگون کرده است. با ظهور مهندسی‌ژنتیک و فناوری DNA نوترکیب، انسان به فناوری دست‌ورزی ژنتیکی موجودات زنده دست یافت و هم‌اکنون می‌تواند برای رفع نیازهای خود، به طور موثرتری موجودات زنده را به کار گیرد. مهندسی ژنتیک در کشاورزی، پزشکی و صنایع دارویی، صنایع تخمیری، صنایع نظامی، انرژی و محیط‌زیست کاربردهای گسترده‌ای دارد.

از این جهت مطالب این دوره برای فارغ‌التحصیلان و دانشجویان رشته‌های بیوتکنولوژی، ژنتیک‌‌مولکولی، گرایش‌های مختلف زیست‌شناسی، محیط‌ زیست، پزشکی، گیاهپزشکی، زراعت، باغبانی، صنایع‌غذایی و تمامی افرادی که به مباحث بیوتکنولوژی و مهندسی ژنتیک علاقمند می‌باشند، مناسب است.


 
comment نظرات ()
 
سومین کارگاه آشنایی با اصول PCR و طراحی پرایمر
نویسنده : دکتر کسری اصفهانی - ساعت ۱٠:٢٩ ‎ق.ظ روز ۱۳٩۱/٧/۳٠
 

کارگاه آشنایی با اصول PCR و طراحی پرایمر از سری کارگاه‌های برنامه ریزی شده توسط شرکت دانا ژن ‌پژوه و شبکه پزشکی مولکولی کشور می‌باشد که در دو قسمت نظری و عملی توسط عضو هیات علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک ایران تدریس خواهد ‌شد.

واکنش زنجیره ای پلیمراز یا به اختصار PCR به طور روزمره در اکثر آزمایشگاه های تشخیصی و تحقیقاتی استفاده می شود و در موارد بسیاری مثل شناسایی و جداسازی ژن ها، کلونینگ، طبقه‌بندی و شناسایی موجودات زنده، تشخیص بیماری‌های ژنتیکی و حتی پرونده‌های جنایی و تعیین هویت کاربرد دارد. در حال حاضر و نزدیک به 30 سال پس از معرفی این تکنیک، تحقیقات ژنتیک مولکولی بدون استفاده از آن قابل تصور نیست. با توجه به این موضوع، مطالب این کارگاه برای تمامی فارغ‌التحصیلان و دانشجویان رشته‌های پزشکی، علوم آزمایشگاهی، بیوتکنولوژی، ژنتیک ‌مولکولی، گرایش های مختلف زیست‌شناسی، گیاهپزشکی، زراعت، باغبانی، صنایع غذایی و تمامی افرادی که به مباحث بیوتکنولوژی و مهندسی ژنتیک علاقمند می‌باشند، مناسب است.

سرفصل‌های کارگاه
- آشنایی با اصول PCR، واکنش و برنامه PCR
- انجام PCR
- انواع مختلف و کاربردهای PCR
- مبانی الکتروفورز و جداسازی قطعات DNA
- مشاهده محصولات PCR بر روی ژل آگاروز و آنالیز نتایج
- آشنایی با اصول طراحی پرایمر
- آشنایی با نرم افزار Oligo (نرم افزار تخصصی طراحی پرایمر)
- بررسی و رفع مشکلات احتمالی PCR

گروه‌بندی بر اساس سطح علمی ثبت‌نام‌کنندگان انجام می‌شود، تا شرکت‌کنندگان نهایت بهره آموزشی را از شرکت در کارگاه ببرند.

دانشجویان از 20 درصد تخفیف هزینه شرکت در کارگاه برخوردار هستند.

در پایان به شرکت‌کنندگان گواهی معتبر با تایید شبکه پزشکی مولکولی ایران اعطا می‌گردد.

مهلت ثبت نام: ساعت 10 صبح 28 آذر 1391

زمان برگزاری: 30 آذر و یک دی 1391

محل برگزاری کارگاه: تهران، خیابان پاسداران، خیابان شهید محمود گل‌نبی، پلاک 24، طبقه دوم، شرکت دانا ژن پژوه

با توجه به اینکه برای آموزش موثر، حداکثر تعداد شرکت کننده در هر گروه این کارگاه 10 نفر می‌باشد، الویت شرکت در کارگاه با کسانی است که زودتر ثبت نام نمایند و افرادی که با تاخیر ثبت نام نمایند، در الویت برگزاری کارگاه های بعدی قرار خواهند گرفت.


علاقمندان می‌توانند جهت اطلاعات بیشتر با شماره تلفن‌های 22887180-021 یا 09124708799 تماس حاصل فرمایند.

لازم به ذکر است، حامی برگزاری این کارگاه شرکت فزا پژوه می باشد.

کارگاه های شرکت دانا ژن پژوه با همکاری شبکه پزشکی مولکولی ایران

صفحه اینترنتی کارگاه

خبر کارگاه ها در ایسنا

خبر کارگاه قبلی در باشگاه خبرنگاران صدا و سیما

اطلاعیه کارگاه در شبکه پزشکی مولکولی

اطلاعیه کارگاه در سرویس خبری بیوتکنولوژی ایران

ثبت نام در کارگاه


 
ادامه مطلب...
comment نظرات ()
 
آموزش PCR
نویسنده : دکتر کسری اصفهانی - ساعت ٤:٥٤ ‎ب.ظ روز ۱۳٩٠/٢/٢۱
 

PCR یا واکنش زنجیره ای پلیمراز (Polymerase Chain Reaction)، تکنیکی است که با استفاده از آن می توان در مدت زمان کوتاهی قطعه خاصی از مولکول DNA را در شرایط آزمایشگاهی میلیون ها بار تکثیر نمود. این قطعه DNA ممکن است یک ژن، بخشی از یک کروموزوم یا بخش هایی از ژنوم یک موجود باشد. البته در تکثیر DNA با روش PCR محدودیت هایی نیز وجود دارد که مهمترین آنها اندازه قطعات قابل تکثیر می باشد به طوری که حداکثر اندازه قطعه هایی که با روش PCR معمولی تکثیر می گردد، 5 هزار نوکلئوتید (kb 5) و در روش های بهینه شده تا 20 هزار نوکلئوتید (kb 20) می باشد.

با این تعریف، PCR همانند یک دستگاه فتوکپی عمل می کند که بوسیله آن می توان صفحاتی از کتاب ژنوم هر موجود را به تعداد دلخواه و مشابه نسخه اصلی (البته در مواردی همراه با خطاهای جزئی) تکثیر نمود.

اساس این روش بسیار ساده بوده و مانند واکنش همانندسازی DNA در موجودات زنده توسط آنزیم DNA پلیمراز صورت می گیرد. در موجودات زنده، مجموعه ای از چند پروتئین و آنزیم در فرآیند همانند سازی DNA نقش دارند در حالی که در واکنش PCR تنها نوع خاصی آنزیم DNA پلیمراز مقاوم به حرارت به نام Taq polymerase به همراه بافر، کلرید منیزیم و نوکلئوتیدها جهت تکثیر قطعات DNA استفاده می شود.

مخترع واکنش PCR کَری مولیس (Kary Mullis) می باشد که در سال 1983 این روش را جهت تکثیر DNA معرفی کرد. قبل از این کشف، ساخت قطعات DNA با روش های کند و پر هزینه شیمیایی انجام می گرفت. به دلیل اهمیت این اختراع، کاربردهای فراوان و نقش ارزنده آن در پیشرفت علم ژنتیک و زیست شناسی مولکولی، وی جایزه نوبل شیمی را در سال 1993 دریافت کرد.

واکنش PCR به طور روزمره در اکثر آزمایشگاه های تشخیصی و تحقیقاتی استفاده می شود و در موارد بسیاری مثل شناسایی و جداسازی ژن ها، کلونینگ، طبقه بندی و شناسایی موجودات زنده، تشخیص بیماری های ژنتیکی و حتی پرونده های جنایی و تعیین هویت کاربرد دارد. در حال حاضر و نزدیک به 30 سال پس از کشف PCR، تحقیقات ژنتیک مولکولی بدون استفاده از این تکنیک قابل تصور نیست.

سازوکار (برنامه) واکنش PCR
اساس واکنش PCR جهت تکثیر توالی DNA دو رشته ای، تغییرات دمایی می باشد. در ابتدا پیوندهای هیدروژنی دو رشته توالی DNA با حرارت (94-95 درجه سلسیوس) شکسته و دو رشته از یکدیگر جدا می شوند. سپس دمای واکنش پایین آورده می شود (معمولاً 50 تا 60 درجه سلسیوس). در این مرحله، دو قطعه کوتاه DNA تک رشته ای (معمولاً بین 18 تا 30 نوکلئوتید) که دقیقاً مشابه دو طرف قطعه DNA مورد نظر برای تکثیر طراحی و ساخته شده اند (با نام پرایمر یا آغازگر)، به توالی های مکمل خود در دو رشته باز شده DNA متصل می گردند. این دو قطعه انتهای 3’ آزاد جهت فعالیت آنزیم DNA پلیمراز را فراهم می نماید، کاری که در همانند سازی در موجودات زنده توسط آنزیم پریماز و توالی اولیه ساخته شده توسط آن انجام می گیرد. در مرحله بعد، دمای واکنش تا 72 درجه سلسیوس (دمای مناسب آنزیم Taq polymerase) افزایش یافته و عمل تکثیر قطعه DNA مورد نظر بین دو پرایمر با استفاده از نوکلئوتیدهای موجود، توسط آنزیم Taq polymerase مقاوم به حرارت انجام می پذیرد.

مرحله اول: واسرشت سازی (Denaturation30 تا 60 ثانیه

عمل انجام شده در این مرحله: جدا شدن دو رشته DNA

مرحله دوم: اتصال (Annealing30 تا 60 ثانیه

عمل انجام شده در این مرحله: اتصال پرایمرها به نواحی مکمل روی DNA و تعیین محدوده تکثیر قطعه DNA

مرحله سوم: گسترش (Extension یا Elongationبه ازای هر 1000 نوکلئوتید طول قطعه 60 ثانیه

عمل انجام شده در این مرحله: تکثیر قطعه DNA مورد نظر

این 3 مرحله بین 25 تا 40 بار تکرار می شود که به آن چرخه های PCR می گویند.

اجزا واکنش PCR
در یک واکنش PCR از نمونه DNA، آنزیم Taq polymerase، پرایمرها، بافر، یون منیزیم، نوکلئوتیدها و آب حضور استفاده می شود. توضیحات مربوط به هر یک از این اجزا در ادامه ارائه شده است:

- نمونه DNA (الگو)
تکثیر از روی نمونه DNA انجام می شود. این نمونه می تواند، قطعه ای DNA، محصول استخراج DNA ژنومی، DNA پلاسمیدی یا حتی محصول PCR دیگری باشد. معمولاً حدود یک نانوگرم از DNA پلاسمیدی یا فاژی یا یک میکروگرم از DNA ژنومی برای یک واکنش PCR کافی است. بیش از این مقدار، باعث تولید محصولات غیر اختصاصی (قطعات DNA دیگری غیر از قطعه مورد نظر) شده و مقدار کم نمونه DNA نیز باعث کاهش دقت واکنش PCR یا عدم تکثیر قطعه مورد نظر می گردد. کیفیت نمونه DNA نیز مهم است به طوری که باقی ماندن ترکیبات مورد استفاده در مرحله استخراج DNA مثل فنل و EDTA، باعث کاهش فعالیت آنزیم Taq polymerase و عدم حصول نتیجه مورد نظر می گردد. همچنین آلوده شدن واکنش PCR با مقادیر بسیار اندک DNA از هر منبع دیگری، به دلیل حساسیت فوق العاده این تکنیک، ممکن است به تولید قطعات غیر قابل انتظار بیانجامد.

- آنزیم Taq polymerase
این آنزیم برای تکثیر قطعات کمتر از سه هزار جفت باز توصیه شده و پر مصرف ترین آنزیم مورد استفاده در PCR می باشد. به طور معمول حدود یک واحد از این آنزیم در 50 میکرو لیتر از واکنش PCR استفاده می شود. اگر نمونه DNA حاوی مواد ممانعت کننده PCR باشد، می توان این مقدار را دو تا سه برابر افزایش داد ولی مقادیر بالاتر آنزیم باعث تولید محصولات غیر اختصاصی می گردد. گرچه دمای مناسب برای این آنزیم 72 درجه سلسیوس می باشد ولی چون این آنزیم در دمای معمولی نیز قادر به تکثیر می باشد برای جلوگیری از اتصال قطعات پرایمر به نقاط دیگری روی توالی نمونه DNA و امکان تولید قطعات غیر اختصاصی، توصیه می شود که تمامی مراحل آماده سازی واکنش PCR بر روی یخ صورت گیرد.

- نوکلئوتید ها
چهار نوکلئوتید تشکیل دهنده قطعه DNA از اجزا واکنش PCR می باشند که به عنوان واحد های ساختمانی مورد نیاز در ساخت قطعه DNA استفاده می شوند. غلظت مورد نیاز از هر یک از نوکلئوتیدها برای واکنش PCR یکسان و برابر 200 نانو مولار می باشد. برای این منظور از مخلوط های آماده واجد هر چهار نوکلئوتید که با غلظت های مختلف مثل دو میلی مولار، 10 میلی مولار و 25 میلی مولار موجود است، استفاده می شود. به طور مثال، در یک واکنش 50 میکرو لیتری PCR باید 5 میکرو لیتر از مخلوط دو میلی مولار نوکلئوتیدها برای دستیابی به مقدار مورد نیاز در واکنش استفاده کرد.

- بافر
مهمترین نقش بافر PCR تنظیم pH مناسب واکنش PCR و آنزیم Taq polymerase می باشد. اجزای این بافر نقش های دیگری نیز دارند از جمله کلرید پتاسیم که به اتصال پرایمر به DNA الگو (نمونه) کمک می کند.

- یون منیزیم
یون منیزیم یکی از اساسی ترین اجزا واکنش PCR می باشد. انواع مختلف آنزیم DNA polymerase برای فعالیت خود به این یون نیاز دارند و این یون برای اتصال پرایمر و قطعه DNA لازم است. برای تکثیر با Taq polymerase این یون عمدتاً به صورت ترکیب کلرید منیزیم در واکنش PCR استفاده می شود. این ترکیب گاهی در همان بافر PCR قرار داده می شود ولی از آنجا که برای برخی واکنش های PCR لازم است که غلظت این یون تغییر نماید، این ترکیب به طور جداگانه تهیه و به واکنش PCR افزوده می شود.

غلظت بهینه یون منیزیم در واکنش PCR یک تا چهار میلی مولار است. غلظت بالاتر از این مقدار باعث تکثیر قطعاتی غیر از قطعه مورد نظر (قطعات غیر اختصاصی) شده و غلظت پایین این یون نیز ممکن است به کاهش کارایی واکنش و میزان تولید قطعه مورد نظر منجر شود.

- پرایمرها
غلظت بهینه پرایمرها برای واکنش PCR از 100 نانو مولار تا یک میکرو مولار متغییر است. غلظت بیش از این، منجر به تولید قطعات غیر اختصاصی می شود. طراحی پرایمر نیازمند دقت فراوانی است و مرحله بسیار مهمی در امکان پذیر شدن و صحت تکثیر قطعه مورد نظر دارد. دمای مرحله اتصال در برنامه PCR به توالی پرایمرها ارتباط دارد.

وسایل مورد نیاز برای واکنش PCR
حداقل وسایل مورد نیاز برای انجام واکنش PCR، دستگاه ترموسایکلر (ایجاد کننده چرخه های دمایی)، میکرو پیپت، ظرف یخ و وسایل یکبار مصرفی مانند تیپ (جز پلاستیکی که برای کشیدن محلول به میکرو پیپت متصل می شود) و ویال (لوله های درب دار کوچک، در دو اندازه بر اساس گنجایش آنها یعنی 200 و 500 میکرو لیتر، که واکنش PCR در آنها انجام می شود) و ظروف نگهداری آنها می باشد.

ویال

دستگاه ترموسایکلر برای ایجاد دماهای مختلف در مدت زمان مورد نظر، قابل برنامه ریزی می باشد. قبل از تولید این دستگاه، دانشمندان برای انجام PCR از سه حمام آب گرم با دماهای مختلف استفاده می کردند که کار بسیار پر زحمتی بود.

دستگاه ترموسایکلر (PCR)

میکرو پیپت برای برداشتن مقادیر اندک مورد نیاز برای واکنش PCR در مقیاس میکرو لیتر استفاده می شود. بر روی این دستگاه که کار کردن با آن بسیار راحت است، تیپ های یک بار مصرف قرار داده می شود و بدین وسیله حجم مورد نظر از آن برداشته و به واکنش PCR افزوده می شود.

نوشته: کسری اصفهانی

* هنگام استفاده از این مطلب، ذکر منبع الزامی است.

 

نزدیکترین کارگاه عملی که توسط نویسنده این مطلب علمی در زمینه PCR برگزار می شود: 

هفتمین دوره آموزشی تکنیک های آزمایشگاه ژنتیک مولکولی (از ژن تا پروتئین) - 3 تا 6 اسفند 1393


 
comment نظرات ()